水生態恢復自凈的關鍵問題是恢復水體生態平衡，沉水植物是淺水水體生態修復的關鍵與核心
恢復并維持健康良好的河湖生態系統，實現水域生態系統中生產者（水生植物）、消費者（魚類等）、分解者（微生物）的生態平衡配置。
經典生物調控理論——增加肉食性魚類控制食浮游動物的魚類，促進浮游動物，特別是大型枝角類（Daphnia）的數量，從而控制浮游動物、提供水體透明度，從而為大型水生植物，特別是沉水植物的恢復創造條件。
淺水湖泊穩態轉換理論——恢復沉水植物群落，恢復或者構建一個完整的水生態系統是實現水生態平衡和凈化水質的有效途徑。